Lasy stanowiące 26,5% powierzchni gminy w całości włączone zostały do kategorii lasów ochronnych. Procentowo największą powierzchnię zajmują siedliska borowe. W drzewostanach zdecydowanie dominuje sosna, a na żyźniejszych siedliskach pojawiają się gatunki liściaste, takie jak: dąb, buk, olsza i jesion.

Na terenie gminy Kórnik stwierdzono obecność wielu rzadkich i ginących gatunków roślin, do najważniejszych należałoby zaliczyć: kruszczyka szerokolistnego, grzybienie białe, pierwiosnkę lekarską, tysiącznika, konwalijkę dwulistną, siódmaczka leśnego, zawilce, ziarnopłona wiosennego, konwalię majową i kruszynę pospolitą. W lasach żyje wiele gatunków zwierząt m.in. sarny, jelenie, dziki, a jeziora i przybrzeżne zarośla wykorzystuje wodne ptactwo - w szczególności kaczki krzyżówki, łyski, perkozy dwuczube, czaple i trzcinniczki. Gospodarzem lasów okolic Kórnika jest Nadleśnictwo Babki. Największe kompleksy leśne występują w okolicach wsi: Skrzynki, Kamionki, Czmoń, Czmoniec, Borówiec.

Formy ochrony przyrody
W chwili obecnej na terenie gminy Kórnik ochroną objęto najcenniejsze jej obszary. Najwyższą formą ochrony objęty jest fragment doliny Warty wchodzący w skałd Rogalińskiego Parku Krajobrazowego. Rozciąga się on w miejscu, gdzie rzeka meandrując, utworzyła na terasie zalewowej liczne starorzecza, stanowiące jej niezwykle malownicze urozmaicenie. Głównym celem poza ochroną krajobrazu w Parku jest ochrona jednego z najwiekszych w Europie skupisk wielowiekowych, nawet ok 600-letnich, okazów dębów szypułkowych. Teren Parku jest optymalnym miejscem bytowania dla wielu gatunków ptaków wodno-błotnych, rzadkich pajęczaków i owadów.


Drugim ważnym elementem lokalnego systemu obszarów chronionych jest obszar chronionego krajobrazu zlewni jezior kórnicko-zaniemyskich. Został on ustanowiony w 1995 roku dla zachowania jego walorów rekreacyjnych i ekologicznych.
Na terenie gminy Kórnik chroni się też w formie pomników przyrody najokazalsze i najstarsze drzewa. Obecnie ochronie podlega 8 obiektów - 6 z nich to pojedyncze drzewa a 2 pozostałe to aleje.
Szczególnej ochrony wymaga 6 zespołów dworsko-parkowych znajdujących się na terenie miasta i gminy. Do chwili obecnej najlepiej utrzymany i najwartościowszy z przyrodniczego punktu widzenia jest park w Kórniku. Pozostałe znajdują się w Dziećmierowie, Dworzyskach, Pierzchnie, Robakowie i Runowie.